داستان فیلم پس از اتفاقات نسخهٔ مردان ایکس: آخرین ایستادگی (۲۰۰۶) روایت می‌شود و به مشکلات لوگان پس از کشته شدن معشوقش جین گری می‌پردازد. لوگان به ژاپن رفته تا با دوست قدیمی خود، کارخانه‌دار ثروتمند، ایچیرو یاشیدا که او را در زمان بمباران اتمی هیروشیما و ناکازاکی نجات داده بود و در حال حاضر در بستر مرگ است وداع کند. مکان زندگی لوگن توسط جهش‌یافته‌ای به نام یوکیو شناسایی می‌شود، و او لوگان را با خود به کشور ژاپن و نزد دوست قدیمی‌اش می‌برد.
در جنگ برای سیاره میمون‌ها، سزار و ارتش میمون‌ها وارد یک درگیری تحمیلی و مرگبار با ارتش انسان‌ها به رهبری کولونلی بی‌رحم می‌شوند. به دنبال تلفات غیر قابل تصور ارتش میمون‌ها، سزار در کشاکشی نزدیک با غریزه تاریک خود، جهت گرفتن انتقام گونه میمون‌ها آماده می‌شود. قضای روزگار در نهایت سزار و کولونل را در نبردی حماسی برای آینده هر یک از گونه‌ها و تعیین سرنوشت این سیاره رو در روی یکدیگر قرار خواهد داد...
جمعیت رو به رشد میمون‌هایی که از نظر ژنتیکی جهش یافته‌اند، توسط سزار رهبری می‌شوند. بیشتر انسان‌ها به وسیله یک ویروس مرگبار از بین رفته‌اند و گروه باقیمانده با میمون‌ها در صلح به سر می‌برند. اما این صلح خیلی پایدار نمی‌ماند و جنگی رخ می‌دهد که مشخص می‌کند کدام نژاد بر زمین حکومت خواهد کرد…
