داستان فیلم پس از اتفاقات نسخهٔ مردان ایکس: آخرین ایستادگی (۲۰۰۶) روایت می‌شود و به مشکلات لوگان پس از کشته شدن معشوقش جین گری می‌پردازد. لوگان به ژاپن رفته تا با دوست قدیمی خود، کارخانه‌دار ثروتمند، ایچیرو یاشیدا که او را در زمان بمباران اتمی هیروشیما و ناکازاکی نجات داده بود و در حال حاضر در بستر مرگ است وداع کند. مکان زندگی لوگن توسط جهش‌یافته‌ای به نام یوکیو شناسایی می‌شود، و او لوگان را با خود به کشور ژاپن و نزد دوست قدیمی‌اش می‌برد.
فیلم X-Men داستان گروهی از جهش یافتگان را روایت می‌کند که در مدرسه تحت مدیریت چارلز ژا ویر ملقب به پروفسور ایکس آموزش و تربیت می‌شوند. این مدرسه شبانه‌روزی در ظاهر و در دید دولت و مردم معمولی یک مدرسه ویژه مخصوص دانش آموزان تیزهوش و برتر می‌باشد؛ اما در واقع برای...
این فیلم داستان کودکی چارلز اگزیویر ملقب به پروفسور ایکس را روایت می‌کند که پس از آشنایی با ریون دارکهولم، زندگی‌اش تغییر کرده و متوجه می‌شود که تنها جهش‌یافته دنیا نیست. در ادامه و در بزرگسالی،وی با مردی به نام اریک لنشر آشنا شده و گروهی از جهش‌یافتگان بااستعداد را جمع آوری می‌کند که این شروعی برای فعالیت‌های مدرسه پروفسور و گروه مردان ایکس است اما در این بین مشکلاتی از سوی جهش‌یافته‌ای قدرتمند به اسم سباستین شاو به‌وجود می‌آید که...
در آینده ای نزدیک، در جایی نزدیک مرز مکزیک، لوگان که از اوضاع خسته شده، از پروفسور ایکس بیمار نگهداری می کند. به هر حال، لوگان تلاش می کند از دنیای بیرون مخفی بماند و میراث او زمانی که یک جهش یافته جوان که تحت تعقیب نیروهای تاریکی است، از راه می رسد، زیر و رو می شود و...
مردان ایکس، ولوورین را به گذشته می فرستند تا از اتفاقی که منجر به نابودی انسان ها و جهش یافتگان در آینده می شود، جلوگیری کند...
