سریال پایتخت 6 با فوت بابا پنجعلی شروع می شود و روح پنجعلی در سریال حاضر است و اعضای بدن او اهدا می گردد. بهبود فریبا پس از سال ها به ایران برگشته اما ماجراهایی برایش پیش می آید که فهمیه را از شوهر سابقش دلسرد می کند. بهتاش که در فصل پنجم بیکار و آس و پاس بود حالا دروازه بان تیم فوتبال نساجی مازندران شده است و سیاسی شدن نقی معمولی شخصیت اصلی قصه یکی از دیگر جذابیت های سریال برای مخاطبان است.
شهاب در آستانه ازدواج با نامزدش است. شرایط اقتصادی و مالی او باعث می شود به اتفاق دوستش وارد یک معامله تجاری شود اما در کمال ناباوری پول‌های او را بالا می کشند. شرایط سختی بر زندگی او حاکم می شود. پول بهره‌ای می گیرد و از پرداخت اقساط آن هم عاجز می شود. طلبکاران او را راحت نمی گذارند. پدرش که دبیر مدرسه است وارد ماجرای او می شود. نامزدش نیز او را تحت فشار قرار می دهد. شهاب تحت تاثیر این فشارها دست به کار عجیبی می زند.
داستان قاسم کارمند اداره سد معبر شهرداری را روایت می کند که در تلاش است وضعیتِ زندگیِ خود را بهبود ببخشد، اما در این راه با نرگس همسرش اختلافِ نظر دارد.
